1. 按使用方式分类：

保护剂：在病原孢子萌发或杀死萌发的病原孢子，以保护植物免受其害。如硫酸铜、绿乳铜、代森锰锌、波尔多液等。

治疗剂：从植物表皮渗入植物组织内部，经过输导、扩散或产生代谢物来杀死或抑制病原，恢复植物健康。如多菌灵、甲基托布津、春雷霉素等。

铲除剂：能直接杀死已侵入植物的病原物。如五氯酚钠、福美砷、石硫合剂等。

2. 按传导特性分类：

内吸性杀菌剂：能被植物叶、茎、根、种子吸收进入植物体内，具有治疗和保护作用。如多菌灵、甲基托布津、敌克松等。

非内吸性杀菌剂：不能被植物内吸并传导、存留，只具有保护作用。如草木灰、波尔多液、代森锰锌等。

3. 按原料来源分类：

无机杀菌剂：如硫酸铜、升汞、石灰波尔多液、氢氧化铜、硫磺粉、石硫合剂、氧化亚铜等。

有机硫杀菌剂：如福美锌、代森锌、代森锰锌、代森铵、敌锈钠、福美双等。

有机磷、砷杀菌剂：如乙磷铝、甲基立枯磷、稻瘟净、克瘟散、退菌特、稻脚青等。

取代苯类杀菌剂：如百菌清、敌克松、甲基托布津、五氯硝基苯等。

唑类杀菌剂：如粉锈宁、多菌灵、恶霉灵、苯菌灵、噻菌灵等。

抗菌素类杀菌剂：如春雷霉素、农用链霉素、井冈霉素、多抗霉素、抗霉菌素120等。

4. 按作用机理分类：

氧化性杀菌剂：通常为强氧化剂，主要通过与细菌体内代谢酶发生氧化作用而达到杀菌目的。

非氧化性杀菌剂：以致毒剂的方式作用于微生物的特殊部位，从而破坏微生物的细胞或者生命体而达到杀菌效果，常见非氧化性杀菌剂有氯酚类、异噻唑啉酮、季铵盐类等。